胃肠炎的药物治疗包括如果伴有腹泻、发热者，可以使用黄连素、左氧氟沙星等抗菌类药物，病情较轻者一般可以不用，非感染性腹泻一般尽量避免使用，以免加重对胃肠黏膜的刺激。
要使用保护肠黏膜药物，如蒙脱石散，急性腹泻者可以使用蒙脱石散，首次剂量可以加倍。如果大量腹泻造成脱水，应积极补充水分、无机盐等，以减少脱水症状的发生，可以使用抑制胃酸分泌药物，如奥美拉唑、雷贝拉唑、兰索拉唑等，也可以适当使用解痉止痛药物，如阿托品、颠茄片等，还可以局部热敷。
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